その後、重衡の処分に関しては、院と鎌倉との折衝のほかに、奈良法師の容喙（ようかい） が加わって、事は一だんむずかしくなって行った。
いつの場合でもだが。
叡山（えいざん） や南都が、政治にくちばしを差しはさむと、事態は必ず紛糾（ふんきゅう） する。こんどもまた、そうだった。
「重衡の中将こそは、年来、ともに天をいだかじとしているわれらの怨敵（おんてき） 。それをなんぞや、院や鎌倉の手ぬるい処置に任せておいてよいものか」
彼ら特有な権威の自負も手伝って、不満は表面化し、やがて大衆の僉議（せんぎ） とまでなった。
「それよ、かつての日、平家の暴兵に見舞われ、大仏殿以下七堂（しちどう） 伽藍（がらん） を焼亡し、僧俗千余の黒焦（くろこ） げのかばねを出したのは、院でもない、鎌倉でもないわ、我ら南都の大衆ではないか」
「その南都が、なんの諮（はか） りも受けず、しかも、当時の悪大将重衡は、関東へ引き渡され、あまつさえ鎌倉では、ひそかに優遇されていると聞く」
「言語道断な沙汰。よろしく、悪魔重衡の身柄は、我らの手に請（こ） い受けて、罪科を責め、報（むく） いのほどをも、思い知らしてくれねばならん」
「仏天の処罰は、仏者を除いて、余人に委すべきではない。重衡の処置は、断じて、南都で執（と） り行え。他山の聞こえもあることぞ」
結論は、やがて、上訴の形をとり。物々しい彼らの代表者は、何度も都へ出て、院へ迫った。
「── 重衡を当方へ引き渡されたい。南都の合意なき処分は一切不当である。さなくば、大衆の激昂（げきこう） 、いかなる事態に及ぶやもはかり難い」
と、半ば脅迫的である。
例によって、院では、彼らをなだめるだけで、説き伏せる力もない。何よりは強訴（ごうそ） 騒ぎが恐（こわ） いし、叡山や園城寺（おんじょうじ） も、この問題では、南都を声援している形勢がある。たびたびの訴えに、持て余した院では、近臣の泰経（やすつね） が、法皇の仰せ出しと称して、こう答えた。
「もともと、重衡どのは、一ノ谷の虜将（とらわれ） なれば、院が御処分をとる意志は毛頭なかった。しかるに、鎌倉方の執拗（しつよう） な求めにより、南都の意向を問う暇もなく、関東へ下げ渡したが、しかしそれ以後の処置は、院のあずかり知るところではない。今や、重衡一身の生殺（せいさつ） 与奪（よだつ） は、鎌倉の手中にあれば、直々（じきじき） 、鎌倉へ交渉してみたがよい。どうなりと、両者の間で解決されるがよろしかろう」