少し時間は前後するが、一一六一年正月二十三日に清盛は検非違使（けびいし） 別当（べっとう） となり、朝廷の主要な警察力を掌握していた。ちなみに前任の別当は前年解官（げかん） された惟方（これかた） である。一一六二 (応保2) 年正月九日に清盛は、 右衛（うえ） 門督（うもんのすけ） ・検非違使別当を辞す意志を二条天皇に示し、閏（うるう） 二月九日にその願いが斥けられているが、二条の政治を支えている清盛の両職の辞意は本音でなかったとみるべきだろう。
清盛の朝廷政務への関与も引き続きみられ、三月七日に藤原（ふじわらの） 経宗（つねむね） の配流（はいる） 地からの召還について、蔵人（くろうど） 藤原重方（しげかた） が二条の仰せを後白河・清盛・藤原忠通（ただみち） の順で伝えている。軍事警察の問題だけでなく、朝廷政治一般の分野で大きな存在感を示すようになった清盛は、九月十三日に権（ごんの） 中納言（ちゅうなごん） に昇進している。
一一六二年三月二十八日に二条天皇の里（さと） 内裏（だいり） である押小路（おしのこうじ） 東（ひがしの） 洞院（とういん） 邸の新造がなると、清盛一門（いちもん） はその警護の任に就いている。この内裏警護に関しては、のちの大番役（おおばんやく） の起源とする理解と、これを否定して二条と後白河の政治対立が存在する特殊状況下における異例の武力警護とする見解が存在する。直接的契機の説明については後者の理解が妥当であるが、非常時の警戒態勢が恒常的な警備体制に移行して行くという流れとして、このときの措置を内裏大番役 (ひいては鎌倉（かまくら） 幕府（ばくふ） の京都大番役) という制度の起点におく理解も成り立つと考えたい。
これらのような二条への清盛の奉仕に関して 『愚（ぐ） 管抄（かんしょう） 』 は、後白河の世となることに清盛が警戒したからであるという解説を加えているが、後白河と清盛の対立軸からのみ政治情勢を説こうとする慈円（じえん） の理解は、のちの歴史の推移に影響された狭小なものといえよう。
清盛は、一一六二年四月十一日に関白（かんぱく） 藤原基実（もとざね） とともに後白河より除目に関して諮問を受けていたり、十二月には、備前国（びぜんのくに） の知行（ちぎょう） 国主（こくしゅ） として得た財力によって後白河のために蓮華（れんげ） 王院（おういん） を造営したりしているように、後白河への奉仕を怠っていたのでは決してなかった。
父同様に譲位後に院政を進めようとしていた二条天皇が、清盛たち平氏一門の軍事力と政治力に依拠する姿勢を見せ、王権の守護の役目を担う清盛がそのような二条の期待に応える行動を取ったことは当然と言うべきであり、この時点で後白河と清盛の政治対立を強調することは、少なくとも清盛の政治姿勢に関する理解としては史実に合致しない。
八月二十日に従（じゅ） 二位（にい） にのぼった清盛は、九月二十三日に検非違使別当・右衛門督を辞した。王権（おうけん） 擁護の責務を果たすうえで、清盛はもはやこの二つの地位に固執する必要はなくなったのであろう。
二条天皇執政期における清盛の行動としては、摂関（せっかん） 家（け） への接近をはかった事が注目される。
一一六四 (長寛（ちょうかん） 2) 年四月に清盛は、関白藤原基実を娘盛子（せいこ） の婿に取り、その後、平氏一門の者たちを摂関家政所（まんどころ） の家司（けいし） に送り込んでいく。
清盛自身の意図は、摂関家との連携を強めることで一門の政治基盤の安定化をはかることにあったが、皮肉なことに、摂関家との縁を強めたことがのちの清盛たちの政治的立場をあやうくしていくこととなる